Вторая очередь строительства Фондохранилища Государственного Эрмитажа включает несколько новых корпусов: Реставрационно-хранительский, Лекционно-выставочный, Технический, Корпус биологического контроля, Аванзал (обширная входная зона с сервисными службами).
В Реставрационно-хранительском корпусе планируется устройство Лаборатории научной реставрации шпалер и ковров, создание комплексной мастерской по реставрации мебели, карет, рам, предметов декоративно-прикладного искусства; предполагается размещение Библиотеки, Медиатеки, творческих мастерских Школьного центра музея. В Лекционно-выставочном корпусе будет проводиться разнообразная просветительская работа: лекции, временные выставки, концерты. Следующим этапом Фондохранилища будет строительство Технического корпуса, Корпуса биоконтроля и Аванзала.
Работы по строительству второй очереди Фондохранилища, формирующей новый архитектурный образ комплекса, ведутся при активном использовании новейших строительно-отделочных материалов. Этот проект предполагается завершить в ближайшие годы.