Музей состоит из следующих отделов:
- Дирекция Государственного Эрмитажа
- Аппарат дирекции
- Отдел Античного Мира
- Отдел Археологии Восточной Европы и Сибири
- Отдел Востока
- Отдел Западноевропейского изобразительного искусства
- Отдел Западноевропейского прикладного искусства
- Отдел Истории русской культуры
- Отдел Нумизматики
- Отдел "Арсенал"
- Отдел "Музей императорского фарфорового завода"
- Отдел Современного искусства
- Отдел "Дворец Меншикова"
- Главный штаб
- Отдел Истории и реставрации памятников архитектуры
- Сектор Архитектурной археологии
- Научная библиотека
- Научный архив рукописей и документального фонда
- Научно-просветительный отдел
- Научно-методический отдел "Школьный центр"
- Экспозиционно-оформительский отдел
- Редакционно-издательский отдел
- Сектор подготовки электронных изданий
- Отдел научной документации
- Отдел организации учета и хранения РХЦ "Старая Деревня"
- Сектор новых поступлений
- Сектор документальной подготовки выставок
- Отдел "Галерея драгоценностей"
- Отдел научной реставрации и консервации
- Отдел научно-технической экспертизы памятников
- Лаборатория биологического контроля
- Лаборатория климатического контроля
- Кадровая служба
- Общий отдел
- Юридическая служба
- Театрально-просветительский отдел
- Отдел внешних связей
- Отдел по обслуживанию посетителей во входной зоне
- Сектор по организации информационной инфраструктуры и оборудования зон отдыха
- Служба развития
- Отдел туризма и специальных программ
- Сектор маркетинга и рекламы
- Сектор проектного финансирования
- Сектор по работе с Друзьями Эрмитажа
- Историко-информационная служба
- Отдел информационных проектов
- Отдел межмузейных коммуникаций (с Сектором по работе с волонтерами)
- Отдел гостеприимства
- Сектор социологических исследований
- Сектор обеспечения публикаций
- Реставрационно-хранительский центр "Старая деревня"
- Планово-финансовый отдел
- Бухгалтерия
- Отдел государственных закупок
- Отдел социального развития
- Отдел охраны труда и экологии
- Отдел эксплуатации здания "Главный штаб"
- Отдел эксплуатации здания Меншиковского дворца
- Отдел главного механика
- Отдел главного энергетика
- Отдел капитального строительства
- Отдел реставрации и ремонта
- Отдел электронной техники, сигнализации и связи
- Отдел эксплуатации РХЦ "Старая деревня"
- Сектор компьютерной техники
- Отдел обслуживания механизированной техникой зданий и выставок
- Служба безопасности (Служба музейной безопасности)
- Оперативный отдел службы безопасности (ООСБ)
- Отдел музейных смотрителей
- Автотранспортный отдел
- Сектор гражданской обороны и чрезвычайных ситуаций