В 1990 году в соответствии с Генеральным планом реконструкции и развития Государственного Эрмитажа в Приморском районе Санкт-Петербурга началось строительство Реставрационно-хранительского центра.
16 мая 2003 году была введена в строй Первая очередь здания Фондохранилища. Это событие стало вкладом Государственного Эрмитажа в празднование 300-летия Санкт-Петербурга. Новое музейное хранилище заработало по принципу «открытого хранения». Протяженность экскурсионного маршрута составляет около километра. В основном Фондовом корпусе разместились различные коллекции Отдела западноевропейского искусства, Отдела истории русской культуры, Отдела Востока, Отдела археологии Восточной Европы и Сибири, а также Лаборатория научной реставрации станковой живописи, Лаборатория научной реставрации часов и музыкальных механизмов, Лаборатория научной реставрации памятников прикладного искусства. В Фондохранилище были созданы «Конюшенный музей» и «Театр шпалер». Здесь же открылся учебный класс, где уже в течение нескольких лет проходят занятия для особых детей по программе «Прошлое на кончиках пальцев».
14 декабря 2012 года в Реставрационно-хранительском центре в Старой Деревне прошла торжественная церемония подписания акта приемки Второй очереди Реставрационно-хранительского центра. Вторая очередь (генпроектировщик и генподрядчик – финская компания «Леминкяйнен», архитектурное проектирование − российская компания «Творческая мастерская Трофимовых», технологический проект – совместно с сотрудниками Государственного Эрмитажа институт «ЛенНИИПроект») включает шесть корпусов. Среди них − доминанта архитектурного комплекса − здание, гранитный портал которого украшают изображения онежских и беломорских петроглифов, ставшие визуальным символом Реставрационно-хранительского центра «Старая Деревня». Коридоры и транспортные узлы каждого этажа этого корпуса имеют свой цвет, семь этажей – семь цветов радуги. Для оснащения хранилищ разработана серия специального музейного оборудования для разных фондов научных отделов музея (оборудование изготовлено российской компанией «Музейные технологии» и финской компанией «Лаксонен»).
Реставрационно-хранительский корпус включает 54 хранилища, общей площадью 7 954 кв.м. Общая площадь открытого хранения составляет 1 114 кв.м; блока хранений с повышенным уровнем безопасности − 507 кв.м; 3 807 кв.м отведено для размещения реставрационных лабораторий: Лаборатории научной реставрации предметов прикладного искусства с участками нового металла, керамики, витражей; Лаборатории научной реставрации фотоматериалов, Лаборатории научной реставрации тканей, Лаборатории научной реставрации мебели и карет, Лаборатории научной реставрации монументальной живописи, переплетного участка Лаборатории научной реставрации графики. Площади для хранения предназначена для Отдел археологии Восточной Европы и Сибири (1 797 кв.м), Отдел Античного мира (1.200 кв.м), Отдел истории русской культуры (3 095 кв.м), Отдел Востока (1 267 кв.м), Отдел западноевропейского изобразительного искусства (734 кв.м), Отдел западноевропейского прикладного искусства (1 069 кв.м). В выставочно-лекционном корпусе располагаются два большепролетных, двусветных выставочных зала с аванзалами, общей площадью 1 000 кв.м, и лекционно-концертный зал на 240 мест.
12 июля 2013 года на Градостроительном совете при правительстве Санкт-Петербурга был одобрен проект Третьей очереди строительства Реставрационно-хранительского центра «Старая Деревня». Проект Третьей очереди фондохранилища не только увеличивает площади для хранения и научной реставрации музейных экспонатов, но дает возможность значительно расширить экспозиционное пространство в Зимнем дворце и других зданиях основного музейного комплекса, расположенных по Дворцовой набережной.
Третья очередь предусматривает строительство трех корпусов, связанных с уже существующим комплексом переходом над железнодорожной веткой. Главный корпус – стеклянный куб на Школьной улице, д. 39 – предназначен для создания Большой Эрмитажной библиотеки. Впервые в российской практике здесь появится открытая музейная библиотека по искусству, которая представит широкому кругу читателей обширную книжную коллекцию музея. Библиотека будет обеспечена книгохранилищами и оборудована с учетом новейших технологий библиотечного дела, включая электронные каталоги и доступ к электронным коллекциям, что открывает новые возможности для работы с книжными фондами Эрмитажа для специалистов. Наряду с Большой Эрмитажной библиотекой в Кубе разместятся центр изучения костюма и моды, многофункциональный зал для временных выставок, лекторий. Проект предусматривает строительство пешеходного моста между комплексами Второй и Третьей очереди: проходя по мосту шириной шесть метров, горожане смогут заглянуть в Центр изучения моды и костюма и конференц-зал, которые будут расположены там же, на мосту.