Первые вещи, относящиеся к домусульманскому прошлому Средней Азии, стали поступать в Эрмитаж в числе других предметов старины уже в конце XIX века, главным образом благодаря деятельности Императорской Археологической комиссии. Это были как находки частных лиц, занимавшихся незаконными раскопками (изъятые администрацией Российской империи), так и вещи, найденные при археологических раскопках (коллекции профессора Н. А. Веселовского из его раскопок в Фергане и Самарканде, академика В. В. Бартольда на Афрасиабе – городище старого Самарканда, художника М. В. Столярова и другие). В начале ХХ века коллекция доисламских древностей пополнялась и за счет даров государю императору подданных Российской империи, как, например, часть собрания самаркандского купца Мирзы Бухарина. Пополнение коллекции обеспечивали и приобретения членов Императорской Археологической комиссии на антикварном рынке Самарканда и других городов Российского Туркестана.
Большое пополнение коллекций проходило после образования СССР, когда вся территория Средней Азии подверглась тотальному систематическому исследованию археологами-профессионалами. В 1930-х годах в Эрмитаж поступили большие коллекции из раскопок Г. В Григорьева в округе Самарканда (Тали-Барзу, Кафыр-кала), А. Ю. Якубовского в Куня-Ургенче, А. Н. Бернштама в Киргизии (Кенкольский могильник) и на юге Казахстана. В 1939–1940 годах на хранение в Эрмитаж поступила большая коллекция из раскопок в Пайкенде, в 1940-х годах – коллекция материалов из раскопок В. Ф. Гайдукевича, проводившихся в годы Великой Отечественной войны в зоне строительства Фархадской ГЭС на Сырдарье. В 1930-х годах в несколько этапов была приобретена большая коллекция известного среднеазиатского собирателя военного инженера Б. Н. Кастальского, поступили небольшие частные коллекции: Пуцилло, В. Р. Чейлытко, В. Н. Наследова и другие.
С 1950-х годов фонды отдела пополнялись за счет больших археологических экспедиций, проводившихся в Средней Азии, в том числе и экспедиций Эрмитажа. До распада СССР в отдел поступила коллекция памятников искусства из раскопок легендарной Хорезмской экспедиции С. П. Толстова, выдающихся фресок древнего Пенджикента, раскопки которого всегда велись под руководством крупнейших ученых, связанных с Эрмитажем: А. Ю. Якубовского, М. М. Дьяконова, А. М. Беленицкого, Б. И. Маршака. Как дары союзных республик в Эрмитаж поступили всемирно известные памятники древнего искусства: ритоны Нисы, фриз буддийского монастыря из Айртама близ Термеза, расписные оссуарии из Ток-калы в Северном Хорезме, часть красивейшей росписи из приемного зала царей Бухары, открытого В. А. Шишкиным на городище Вархша.
После распада СССР и формирования отдельных государств из бывших союзных республик фонды Отдела Востока пополняются лишь за счет передач из организаций, когда-то связанных с археологическими исследованиями в Средней Азии, приобретениями у частных лиц или редких даров музею.
А.И. Торгоев